跨區線，一般是指一條服務兩個或以上行政分區（例如來往屯門區及荃灣區）的路線。此類路線主要功能是方便居民往返區外工作、消閒等，通常路程較長，收費比區內線昂貴。
例子[]
因為跨區線數量眾多，故以下每個項目，只舉出數個例子以供參考。
- 城巴：5B、8P、14、20、79X、592、720、798、969、A12、E22、N90等。
- 九巴：1A、11、33A、40X、53、75X、87D、261、268C、270A、296D、613、N216等。
- 龍運巴士：A31、E42、NA43、R33等。
- 嶼巴：1R（該公司首條跨區線）、36、B2等。
- 港島專綫小巴：4C、24M、58等。
- 九龍專綫小巴：2、16、62S等。
- 新界專綫小巴：1A、481、502等。
兩邊總站在同一行政分區的跨區線[]
兩邊總站（或循環點）在同一個行政分區，但是中途經過另一個行政分區且設有車站的，應視作跨區線論。然而為方便讀者循路線起訖點檢索，香港巴士大典各區巴士路線列表、專綫小巴路線列表的模板，均將相關路線視作區內線處理，見以下例子：
- 參見：#行政區劃改動
- 城巴15線：兩邊總站（中環（5號碼頭）、山頂）均在中西區，途經灣仔區；
- 九巴8號線：兩邊總站（九龍站、尖沙咀碼頭）均在油尖旺區，途經九龍城區；
- 城巴22M線：總站（啟德郵輪碼頭）及循環點（土瓜灣）均在九龍城區，途經觀塘區；
- 城巴582線：總站（白石角）及循環點（西沙及十四鄉）均在大埔區，途經沙田區；
- 九龍專綫小巴13線：總站（紅磡（紅鸞道））及循環點（廣播道）均在九龍城區，途經黃大仙區；
- 新界專綫小巴12線：兩邊總站（西貢、寶林）均在西貢區，途經觀塘區；
- 新界專綫小巴401線：兩邊總站（青衣碼頭、石蔭）均在葵青區，途經荃灣區；
- 新界專綫小巴605線：兩邊總站（上水站、麒麟村）均在北區，途經元朗區。
單方向跨區線[]
- 參見：#行政區劃改動
- 九巴3M線：往彩雲方向屬黃大仙區區內線；往慈雲山（北）方向需途經位於觀塘區的彩虹站。
- 昌榮路是葵青區及荃灣區的分界線，同名北行分站屬於荃灣區，南行分站則屬於葵青區，因此產生以下「單方向跨區線」：
- 城巴3A線：因摩星嶺道是中西區及南區的分界線，往中環（天星碼頭）方向屬中西區區內線；往摩星嶺方向於摩星嶺道西行線的5個巴士站，實際上位於南區。
- 九巴78S線及城巴B7線：往上水方向屬北區區內線；往沙頭角／香園圍口岸方向需途經位於大埔區的粉嶺公路轉車站。
- 九龍專綫小巴49M及54M線：往坪石方向屬觀塘區區內線；往順天方向需途經位於黃大仙區的彩雲邨。
- 新界專綫小巴87A線：往葵芳方向屬葵青區區內線；往八號貨櫃碼頭方向，因介乎貨櫃碼頭南路與志昂路之間的昂運路是葵青區及深水埗區的分界線，位於分界線以東，P7污水泵房外近八號貨櫃碼頭西（ACT碼頭）的分站屬深水埗區。
路線改動而成為跨區線[]
有時候因其他路線取消或改動的緣故，會改動區內線以作補償，當中如果改動後其中一邊總站在不同行政區域就會成為跨區線，見以下例子：
- 九巴68E線：配合264M線取消，由八鄉路延長至青衣站，由一條元朗區區內線改為元朗區與葵青區跨區線。
- 九巴65K線：因應九廣鐵路（今東鐵綫）電氣化，由原本來往大埔墟與嘉道理農場延長為來往大埔火車站及上村，遂由一條大埔區區內線改為大埔區與元朗區跨區線；2014年10月，路線由上村縮短至嘉道理農場，而再次成為區內線。
行政區劃改動[]
自區議會制度設立以來，香港的行政區劃相對穩定，較大的分區改動只有兩項：在1985年由荃灣區拆分出葵涌及青衣區（今葵青區），令不少本屬荃灣區區內線的路線改為跨區線；1994年將面積細小的「油尖區」及「旺角區」合併成油尖旺區，令原本來往兩區的九鐵接駁巴士K15線及九龍專綫小巴3、21K與31M線改為區內線。其餘改動相對較小，絕大部分巴士路線的跨區線地位不受影響。
而自2016年第五屆區議會開始運作起，原屬東區的「天后」及「維園」選區改為屬灣仔區，「天后」選區的範圍包括勵德邨總站、勵德邨道來回沿途各站、怡景道北行各站及雲景道西行北角協同中學分站；「維園」選區則包括天后站公共運輸交匯處。此改動令以下路線的「跨區線」地位發生轉變：
- 因勵德邨一帶改屬灣仔區：
- 港島專綫小巴21A線由跨區線改為灣仔區區內線；
- 新巴81線由「兩邊總站在同一行政分區的跨區線」改為純粹跨區線；
- 新巴81A線由東區區內線改為跨區線。
- 城巴85P線因途經北角協同中學分站，由來回均屬東區區內線，改為「單方向跨區線」。
- 港島專綫小巴49M線因天后站改屬灣仔區，由東區區內線改為跨區線。